提纯工艺稀释作业加入的水玻璃成分可用六偏磷酸钠代替，其量是0.02～0.04%;沉淀分离为流动与静止交叉进行，以便使粘土和碎屑矿物与硅藻分离，获取高纯度硅藻精土。沉淀分离设备由三级分离器组成，其中初分离器由其内设有控制板的沉降沟池以及与该沟池粗砂池构成；二次分离器由其内设有控制板、其底部设为曲凹面的多条平行沟池组合而成;精分离器由其内设有控制闸板，两端各设有放浆沟和排泥沟的带多个拐角的沉降沟池构成。
　　该工艺可对不同硅藻含量的含粘土硅藻土和粘土质低品位硅藻原土进行精选，精土硅藻含量可达到85%以上，而且回收率较高。此外，选矿废水经澄清处理后可循环使用，不污染环境。
　　对于纯度要求很高的硅藻土，在用物理方法精选后还须采用化学方法进一步提纯。目前化学提纯主要采用酸浸法，一般使用硫酸，也可适量添加氢氟酸，加温反应一定时间，使硅藻土中含Al2O3、Fe2O3、CaO、MgO粘土矿物杂质与酸作用，生成可溶性盐类，然后压滤、洗涤并干燥，就能获取较高纯度的硅藻土。酸浸法可将硅藻土的二氧化硅含量提高到95%以上，Al2O3下降到1%以下，Fe2O3、CaO、MgO均下降到0.3%以下。酸浸法的缺点是废酸水量大，须经处理才能排放。