硅藻土表面是带负电的，所以带正电的胶体污染物可以实现电中和，使胶体不稳定。然而，城市生活污水或综合污水中的胶体颗粒大多是带负电荷的，因此，普通硅藻土作为污水处理剂，只能起到压缩双层的作用，但不能使胶体颗粒失稳，处理效果不好。

　　因此，硅藻土以各种方式进行改性，使它能破坏带负电的胶体粒子。如铝、铁等带正电离子进行表面改性，或加入其它絮凝剂制得改性硅藻土污水处理剂。改性硅藻土与其他絮凝剂处理后，硅藻土可作为骨架形成絮体，改善矾花结构，具有凝聚作用，使絮体致密，沉降较好，改善了普通化学絮凝剂的松散和不稳定状况。另一方面，由于其比表面积和表面吸附量大，不稳定胶体很容易吸附在硅藻土上，附着在污染材料上的硅藻土颗粒的吸附能力也很大。改性硅藻土能快速形成粒径大、密度大的絮体，絮凝体的稳定性稳定。絮凝效果良好，即使絮体破碎，也可发生絮凝，这是其他常用絮凝剂如铝盐和铁盐所无法比拟的。

　　硅藻土用于污水处理工艺设备，对其处理效果有很大影响。通常，水力澄清池只用于水处理领域，而对普通城市污水的处理，由于污水中有机物和微生物的大量存在，形成的污泥悬浮层的厌氧反应会产生气体，破坏悬浮层的稳定性。然而，近的研究发现，在澄清池中设置必要的设施或方法，可以使悬浮污泥层处于缺氧状态，有效抑制气体的生成，保证池内稳定的悬浮污泥层的形成。主要原因是污泥悬浮层的筛分效果，可以拦截絮体颗粒；悬浮层没有在悬浮层达到饱和硅藻土，并可以进一步吸附水中的胶体和溶解性污染物的絮凝，使人的潜力可以大限度地发挥，从而药物的剂量是保存。当投水量不足或水质和水质受到影响时，反应器中的悬浮层有助于吸附和截留水中污染物，从而提高系统的稳定性。