硅藻土选矿的目的是要除去其中泥砂、碎屑及铁、铝等杂质，使硅藻富集。一般是采用重力选矿方法，分为干式和湿式两种。干式分选是采用空气分离机等除掉脉石，或采用旋转式干燥机除掉有机物、易挥发物和水分，主要用于高品位矿石;湿法分选是采用水力旋流器等除掉密度较大的脉石杂质，主要用于低品位矿石。
　　硅藻土提纯也常采用化学选矿方法，即向矿浆中加入硫酸、盐酸及辅助药剂，除掉铁、铝等杂质。
　　硅藻土选矿加工流程通常为：原矿→一段磨矿及干燥→二段磨矿及干燥→预分级→旋风器分离→粉状产品→入回转窑煅烧(或加熔剂煅烧)→磨矿冷却→分选分级→填料级或助滤剂级产品。
　　由于许多领域都是利用硅藻土硅壳结构的多孔性，因此在磨矿时要认真选择破碎磨矿设备，大可能地保护骨骸的完整结构和独特形状，避免次生破碎。